Hội nhập kinh tế toàn cầu đã mang lại một số lợi ích nhất định cho Việt Nam nói chung nhưng nó cũng tạo ra rất nhiều nguy cơ và thách thức trong đó có ngành chăn nuôi Việt Nam. Đài Á châu tự do cho rằng chăn nuôi Việt Nam đang chết trong hội nhập, đồng thời hàng chục triệu hộ chăn nuôi gia súc, gia cầm nhỏ lẻ của Việt Nam có thể bị xóa sổ với quá trình hội nhập nhanh và sâu đang diễn ra và suy ra rằng Việt Nam chấp nhận hy sinh ngành chăn nuôi không có khả năng cạnh tranh, để đổi lại các mối lợi lớn hơn trong các ngành sản xuất khác cũng như có nhiều những nguyên nhân làm cho ngành chăn nuôi có thể bị phá sản và xóa xổ vì không thể cạnh tranh với sản phẩm ngoại nhập[6].

Các mặt hàng sữa, thịt bò, thịt heo, gà vịt sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng vì không thể cạnh tranh khi Hiệp định đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP) thành hình với thuế suất nhập khẩu bằng 0. Với hàng loạt các hiệp định thương mại tự do Việt Nam ký năm 2015 và các năm tới, đặc biệt là Hiệp định thương mại đối tác xuyên Thái Bình Dương (TPP) và thị trường chung ASEAN (AEC), chăn nuôi Việt Nam được cho đang đứng trước nguy cơ không thể cạnh tranh được[2]. Khi tham gia TPP, con giống, trang thiết bị, thuốc thú y, động lực học, cơ khí học phục vụ chăn nuôi được nhập khẩu về thì không phải chịu thuế. Sau TPP dòng thương mại có xu hướng thay đổi theo mức cắt giảm thuế quan, chuyển sang nhập khẩu sữa bột từ NewZealand, trâu bò sống từ Úc và các sản phẩm thịt từ Mỹ.

Có quan điểm nhận định rằng có lẽ ngành chăn nuôi là 'vật tế thần' cho hiệp định thương mại. Trường hợp mở cửa hơn nữa cho thịt từ các nước vào, chắc chắn ngành chăn nuôi trong nước sẽ bị đè chết, việc cầm cự sẽ chẳng được lâu khi hầu hết những nguyên liệu này cũng phụ thuộc vào nguồn nhập khẩu[9]. Có quan điểm đánh giá rằng chăn nuôi bò chắc chắn phá sản vì Việt Nam không có đồng cỏ, tận dụng cỏ khô cho năng suất thịt thấp. Chăn nuôi trong nước có xu hướng bị thu hẹp do cạnh tranh đến từ các nước tham gia TPP, đặc biệt là đối với ngành thịt. Người tiêu dùng/nhà nhập khẩu sẽ được lợi, trong khi người sản xuất/nhà xuất khẩu phần lớn bị thiệt hại do không cạnh tranh được với các mặt hàng từ nước ngoài, thịt đông lạnh sẽ phát triển do yêu cầu về an toàn vệ sinh thực phẩm của người tiêu dùng ngày một tăng lên, thịt nóng ngoài chợ sẽ không đáp ứng được[10].

Thịt heo thì sẽ phải cạnh tranh không chỉ từ Mỹ mà sắp tới sẽ là châu Âu. Năm 2014 Việt Nam nhập khẩu 150.000 con bò Úc phục vụ tiêu dùng, nhưng chỉ trong ba tháng đầu năm 2015 đã nhập khẩu tới 115.000 trâu bò. Riêng về sản phẩm thịt, trong 7 tháng tính từ đầu năm nay, Việt Nam đã nhập khẩu 93.000 tấn thịt trâu bò dê cừu và gà. Riêng sản phẩm đùi gà đông lạnh từ Mỹ là hơn 45.000 tấn. Giá đùi gà Mỹ quá rẻ so với đùi gà công nghiệp nội địa (đùi gà Mỹ nhập khẩu với giá 0,9 tới 1 đô la/kg) làm người chăn nuôi lao đao. Sản phẩm của Mỹ rẻ nhưng đã được xác định là chất lượng tốt và bảo đảm vệ sinh an toàn thực phẩm và vấn đề tập quán tiêu dùng, giá đùi gà cánh gà ở Mỹ rẻ hơn ức gà, trong khi ở Việt Nam là ngược lại. Các nước có văn hóa ăn ức gà, đùi gà rẻ họ xuất khẩu sang Việt Nam[10]. Gà nếu cắt rời bộ phận rồi nhập khẩu về thì thuế 20% nhưng gà để nguyên con nhập khẩu thuế lại là 40%. Các doanh nghiệp đang lách luật bằng cách chỉ cắt đầu gà để bên cạnh cả mình gà rồi nhập khẩu về để hưởng thuế suất 20%.